1888年(明治21年)、「市制」「町村制」が公布された。
施行は全国同時ではなく、翌1889年(明治22年)4月1日以降に全国の市町村において順次施行された。また、北海道・沖縄県・指定の島嶼(とうしょ;島々)は、対象外とされた。市町村は、以前の郡区町村制下の区町村と異なり、法人格を持つ地方公共団体となり、権限が拡大された。
区は、多くはそのまま市に移行した。三大都市では市が新設され、区は市の下の区(市の区)に移行した。例えば、東京府は府下に東京市を新たに設け、旧15区の区域をもって市域とした。この時の15区は、麹町区・神田区・日本橋区・京橋区・芝区・麻布区・赤坂区・四谷区・牛込区・小石川区・本郷区・下谷区・浅草区・本所区・深川区であった。