江戸時代以来、江戸っ子に広く親しまれてきた隅田川堤の通称:墨堤(ぼくてい)の「墨」と、悠久の流れを保つ隅田川の「田」を組み合わせて区名とした。1947年(昭和22年)、当時の本所区と向島区が合併して成立した。