東京湾に因んで東港(とうこう)区とする案があったが、東京都東港区では音が重なり言いにくいとのことで、「東」をとって「港区」となった。東京湾による区の発展を願う意味が込められている。1947年(昭和22年)、当時の麻布区、赤坂区、芝区の三区が合併して成立した。