五色(ごしき)不動のひとつ「目黒不動尊」(天台宗瀧泉寺)の名前に由来するという説や、馬と畦道(あぜみち)(水田と水田の境の細い道)を意味する「馬畦(めくろ)」に由来する説などがある。1932年(昭和7年)、東京35区制の施行に伴い、当時の荏原郡の目黒町と碑衾町(ひぶすままち)が合併して目黒区が成立した。